San Marino celebrados en el circuito de Missano y en los que el italiano Andrea Dovizioso fue el más rápido.
Hernández marcó el mejor tiempo por la mañana pero por la tarde Dovizioso mejoró su tiempo en 1.115 segundos.
Hernández, que está completando su tercera temporada en la máxima categoría del motociclismo, es 15º del Mundial con 32 puntos, su mejor actuación en la categoría.
Este curso su mejor clasificación en una carrera fue el 10º puesto cosechado en Italia.
Justo por detrás del colombiano llegaron los dos pilotos españoles de Honda, Dani Pedrosa, tercero, y el vigente campeón del mundo y líder del Mundial, Marc Márquez.
Las dos Yamaha oficiales del español Jorge Lorenzo, octavo, y el italiano Valentino Rossi, décimo, se vieron superadas por la Yamaha Tech3 del también español Pol Epargaró, que terminó sexto.
En Moto2, el alemán Jonas Folger (Kalex) superó a su compañeros el español español Julián Simón, segundo, y al malasio Hafizh Syahrin, tercero.
El líder del Mundial, el español Esteve Rabat solo pudo ser 16º.
Por último, el español Álex Rins (Honda) fue el más rápido en Moto3 por delante de las Kalex del italiano Niccolo Antonelli, segundo, y el australiano Jack Miller.
Resultados combinados de las dos primeras sesiones de entrenamientos libres del Gran Premio de San Marino de motociclismo:
MotoGP (todas la motos de 'Fabrica' salvo indicado):
1.Andrea Dovizioso (ITA/Ducati) 1:49.195
1ª "Open"
2.Yonny Hernández (COL/Ducati Pramac) a 1.115
2ª "Open"
3. Dani Pedrosa (ESP/Honda) 1.161
4. Marc Márquez (ESP/Honda) 1.324
5. Danilo Petrucci (ITA/Aprilia-ART) 1.446
3ª "Open"
6. Pol Espargaró (ESP/Yamaha Tech3) 1.566
7. Stefan Bradl (GER/Honda-LCR) 1.653
8. Jorge Lorenzo (ESP/Yamaha) 2.346
9. Andrea Iannone (ITA/Ducati Pramac) 2.408
4ª "Open"
10. Valentino Rossi (ITA/Yamaha) 2.543
11. Cal Crutchlow (GBR/Ducati) 2.562
5ª "Open"
12. Aleix Espargaró (ESP/Yamaha Forward) 2.969
6ª "Open"
23 pilotos clasificados
Moto2:
1. Jonas Folger (GER/Kalex) 1:52.449
2. Julián Simón (ESP/Kalex) à 0.189
3. Hafizh Syahrin (MAL/Kalex) 0.615
4. Franco Morbidelli (ITA/Kalex) 0.812
5. Johann Zarco (FRA/Caterham Suter) 0.916
6. Mika Kallio (FIN/Kalex) 1.054
7. Gino Rea (ITA/Suter) 1.061
8. Ricard Cardús (ESP/Tech3) 1.179
9. Rudy Krummenacher (SUI/Suter) 1.373
10. Xavier Simeon (BEL/Suter) 1.701
15. Thomas Luthi (SUI/Suter) 2.405
16. Esteve Rabat (ESP/Kalex) 2.665
34 pilotos clasificados
Moto3:
1. Álex Rins (ESP/Honda) 1:55.049
2. Niccolo Antonelli (ITA/KTM) à 1.054
3. Jack Miller (AUS/KTM) 1.285
4. Andrea Locatelli (ITA/Mahindra) 2.513
5. Álex Márquez (ESP/Honda) 2.679
6. Gabriel Rodrigo (ARG/KTM) 2.761
7. Matteo Ferrari (ITA/Mahindra) 2.970
8. Danny Kent (GBR/Husqvarna) 3.284
9. Miguel Oliveira (POR/Mahindra) 3.496
10. Isaac Viñales (ESP/KTM) 3.690