Quintana y Zakarin, que se habían destacado en el ascenso al puerto de primera que culminaba la segunda etapa en línea, se jugaron la etapa al esprint. El colombiano tomó la iniciativa pero el ruso le rebasó a 30 metros de la raya y luego se cruzó en su trayectoria para impedir una postrera reacción del líder del Movistar. Unos minutos después, los comisarios concedieron la victoria de etapa a Nairo, relegando al segundo puesto a Zakarin, con el mismo tiempo que el colombiano. Quintana encabeza la general con diez segundos de ventaja sobre el propio Zakarin y 16 sobre Jon Izaguirre, que hoy terminó sexto en la etapa, dentro del primer grupo perseguidor. Zakarin invirtió un tiempo de 4h28:40 en el trayecto de 173,9 km entre Moudon y Morgins. El primer grupo, con el portugués Rui Costa al frente, cruzó la meta 26 segundos después. Una vez echada abajo la escapada del día, el pelotón llegó unido a los 17 últimos kilómetros, camino del puerto de primera que coronaba la etapa en Morgins. Una avería mecánica de Chris Froome, en ese punto, provocó el corte del británico, en una etapa que antes de su comienzo dejó fuera al australiano Richie Porte, líder del equipo BMC, aquejado de gastroenteritis. A 6,5 km, en pleno ascenso, Nairo Quintana se fue por delante y poco después le alcanzó Ilnur Zakarin. Por detrás intentaron reaccionar, primero Thibaut Pinot, luego Rigoberto Urán y después Rui Costa. Ninguno pudo alcanzarlos.
