Entre los muertos se encuentra el conductor de uno de los trenes, según precisó la radiotelevisión bávara Bayerischer Rundfunk (BR).
El conductor del otro tren continúa desaparecido, según la policía, quien ya había señalado con anterioridad que era poco probable que hayan sobrevivido a la colisión debido a la violencia del impacto.
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Los equipos de rescate temen que entre los amasijos se encuentren más muertos.
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El accidente se produjo cerca de la localidad de Bad Aibling, en el estado federado de Baviera, y en el lugar se encuentran numerosos equipos de rescate con ambulancias y helicópteros para atender a los heridos y trasladar a los más graves a los hospitales.
En declaraciones al canal de noticias n-tv, el jefe de la policía de la región sur de Alta Baviera, Stefan Sonntag, señaló que el choque se produjo al parecer en un tramo de una sola vía.
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Las dos locomotoras se empotraron y varios vagones volcaron al descarrilar uno de los trenes "Meridian", operados por la compañía privada de ferrocarriles Bayerische Oberlandbahn.
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Por el momento se desconocen las causas del choque de ambos trenes y no se descarta que pueda haber más víctimas.
"El accidente es un gran impacto para nosotros. Hacemos todo lo posible para ayudar a los viajeros, sus familiares y los empleados", señaló en un comunicado el director de la compañía ferroviaria, Bernd Rosenbusch, quien agradece la labor que están realizando los servicios de rescate.
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Tanto la empresa como la policía bávara han abierto sendos teléfonos de emergencia para atender a los familiares de las víctimas.
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La vía permanece completamente cortada y se han puesto autobuses a disposición de los viajeros que necesitan recorrer ese trayecto.
La policía anunció una rueda de prensa para el mediodía con el fin de facilitar un balance actualizado y ofrecer información más detallada del accidente.