Luego de aprobarse el acuerdo de paz, en materia de justicia se creará la Jurisdicción Especial para la Paz para todos los que participaron en el conflicto armado directa o indirectamente, excepto a quienes hayan integrado las autodefensas.
Serán varias las salas de justicia, entre las que se encuentran la sala de reconocimiento, de verdad, de responsabilidad y de determinación de los hechos y conductas.
Además de la sala de indulto y amnistía, para determinar cuáles delitos son amnistiables y cuáles no.
La sala de definición de situaciones jurídicas, por su parte, servirá para tratar casos diferentes a los amnistiables.
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Por su parte, la Unidad de investigación y acusación actuará cuando no haya reconocimiento colectivo o individual de responsabilidad.
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El Tribunal Especial para la Paz, que también tendrá sus salas, se encargará de investigar, esclarecer y sancionar los más graves crímenes, es decir delitos de lesa humanidad y crímenes de guerra en el contexto del conflicto armado.
Las penas serán de 1 a 5 años, cuando haya verdad y reparación, y hasta de 20 años cuando no haya ni verdad ni reparación.