La Corte Constitucional zanjó una discusión y tomó decisiones claves sobre la autonomía presupuestal del CNE, en ese sentido, el alto tribunal analizó los artículos 336 y 337 de la Ley 2294 de 2023 Plan Nacional de Desarrollo 2022-2026, que habían modificado el Estatuto Orgánico del Presupuesto para crear una sección presupuestal independiente para el CNE y facultar a su presidente como ordenador del gasto.
Sin embargo, la Corte concluyó que estas disposiciones no guardaban relación directa con los objetivos, metas o estrategias del Plan, ni con su plan plurianual de inversiones, lo que constituye una violación al principio de unidad de materia. Por esta razón, ordenó retirarlas del ordenamiento jurídico y restablecer la normativa anterior.
Pese a declarar la inexequibilidad, la Corte moduló los efectos de su decisión. Determinó que los cambios empezarán a regir a partir del 1 de enero de 2027, teniendo en cuenta la importancia del CNE en la organización electoral y el contexto del proceso para la elección presidencial en curso.
Durante este periodo de transición, entidades como el Ministerio de Hacienda, la Registraduría Nacional del Estado Civil, el CNE y el Departamento Nacional de Planeación deberán coordinarse para realizar los ajustes normativos e institucionales necesarios y estructurar el presupuesto general de la Nación para la vigencia 2027 conforme a lo ordenado por la sentencia.
La votación fue unánime con una votación de 8-0 sin la participación del magistrado Vladimir Fernández quien estaba impedido para debatir del asunto.