El presidente de la Corte Constitucional, Antonio Lizarazo, uno de los cuatro magistrados que salvó el voto en la decisión de
Lizarazo estuvo de acuerdo con los cinco magistrados que negaron el amparo en cuanto a que la investigación adelantada contra el expresidente debía conservar la validez de lo actuado, tanto en la Corte Suprema de Justicia, como en la Fiscalía, así como también la equivalencia entre la indagatoria, la imputación y el derecho de las partes a acudir ante el juez de control de garantías para solicitar en una audiencia la violación de derechos fundamentales.
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Sin embargo, el magistrado aclaró que la tutela es incongruente porque, por una parte, admite que no tenía un mecanismo diferente para alegar la vulneración de sus derechos y, por otro, también admite la posibilidad de tener la opción de acudir a un juez de garantías para reclamar precisamente esas garantías.
El magistrado Lizarazo también consideró que, a pesar de que la mayoría de sus colegas consideran que el juez cuarto penal del Circuito de Bogotá con función de conocimiento no se extralimitó en sus funciones, para él sí lo hizo al pronunciarse sobre la adecuación de un sistema penal a otro porque a pesar de que hay equivalencia entre la indagatoria y la imputación, ese tema debió haberlo expuesto la Fiscalía ante un juez de garantías y no el juez de conocimiento.
El juzgado accionado sí se extralimitó en sus competencias como juez de segunda instancia, al haberse pronunciado sobre la adecuación del trámite en una actuación convocada para fines diferentes y, que, por lo mismo, desconoció las competencias constitucionales de la Fiscalía General de la Nación, en cuanto titular de la acción penal
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