A pesar de esto, en el 2012 fue elegido como gobernador del Chocó con 52.000 votos. (Lea también: Santos anuncia el nuevo "gabinete para la paz y el posconflicto")
Para el 13 de julio de 2013 Luis Gilberto Murillo fue destituido por el Consejo de Estado, ya que según el alto tribunal no podía ejercer como gobernador porque sobre él recaía una condena de seis meses e inhabilidad por un año por el delito de peculado por destinación oficial diferente.
La condena fue producto de la destinación de recursos hacia otros intereses, ejerciendo el cargo de director de la Corporación para el Desarrollo del Chocó en 1998.
La acción permanece en los tribunales de ese departamento desde el año 2012.